异染色体纤维折叠压缩程度高，处于聚缩状态，用碱性染料染色时着色较深，又分结构异染色体或组成型异染色体和兼性异染色体。
（1）结构异染色体特点：①在中期染色体上多定位于着丝粒区、端粒、次缢痕及染色体臂的某些节段；②由相对简单、高度重复的DNA序列构成，如卫星DNA；③具有显著的遗传惰性，不转录也不编码蛋白质；④在复制行为上与常染色体相比表现为晚复制早聚缩；⑤在功能上参与染色体高级结构的形成，导致染色体区间性，作为核DNA的转座元件，引起遗传变异。
（2）兼性异染色体特点：在某些细胞类型或一定的发育阶段，原来的常染色体聚缩，并丧失基因转录活性，变为异染色体，如X染色体随机失活；异染色体化可能是关闭基因活性的一种途径。