蔡元培是中国近代著名的资产阶级革命家和民主主义教育家。1917年赴任北京大学校长后，他从自由、民主的原则出发，对北京大学进行了卓有成效的改革，为中国高等教育开辟了一片新天地。他的教育实践和教育思想可概括为以下几个方面：
（1）“五育”并举的教育方针
1912年初，蔡元培从“养成共和国民健全之人格”的观点出发，提出军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育和美感教育“五育”并举的教育思想，成为制定民国元年教育方针的理论基础。
①军国民教育：军国民教育，即体育，一方面是当时形势，需要举国强兵之制，必须有这种教育，另一方面体育又是养成完全人格所必需。蔡元培主张完全人格，首在体育。
②实利主义教育：实利主义教育主要给人以各种普通的文化科学知识，发展实业的知识和技能，以及一定的职业训练。进行实业主义教育的目的，是为了提高人民的富裕程度，增强国家的财力，这样才能在世界竞争中立于不败之地。
③公民道德教育：公民道德教育，即德育，实际上就是在提倡自由、平等、博爱的资产阶级道德观念。
④世界观教育：世界观教育属于实体世界，是“超轶乎政治的”。他认为世界观教育的主要任务是培养人超轶乎现世之观念，而达于实体世界之最高精神境界。蔡元培在中国近代教育史上首倡世界观教育，并认为世界观教育是教育的终极目的。他倡导世界观教育是引导人们去追求真理，追求有价值的人生。
⑤美感教育：美感教育亦称美育。蔡元培非常重视美育，他认为美育是引导人从现象世界过渡到实体世界的桥梁。他指出进行美感教育的课程很多。音乐、美术、游戏、手工属于美育，其他课程如文学、数学、物理、化学也都有美育的因素。
蔡元培强调普通教育的目的在于养成健全的人格，因此他倡导五育并举，认为五育一样重要，都不可放松。他提出的德、智、体、美等几育平均发展的教育方针符合当时历史的要求，是对中国半殖民地半封建的教育宗旨的否定。而且这几方面的教育也符合人的全面发展的教育规律，对后世有重要的启发借鉴意义。
（2）改革北京大学
蔡元培就任北京大学校长后，对北大进行了全面改革。具体措施包括以下几个方面：
①抱定宗旨，改变校风
蔡元培认为大学应该成为“研究高尚学问之地”，因此，他改革北大的第一步是明确大学的宗旨，并为师生创造研究高深学问的条件和氛围。其主要措施如下：
a．改变学生的观念。蔡元培对学生提出三点要求：一曰抱定宗旨，二曰砥砺德行，三曰敬爱师长。将“抱定宗旨”置于首位，要求学生抱定为求学而来的宗旨。
b．整顿教师队伍，延聘积学热心的教员。蔡元培在教师聘任上采取的是“学诣”第一的原则，不拘一格地聘用有真才实学的教师。
c．发展研究所，广积图书，引导师生研究兴趣。蔡元培担任北大校长后，率先在国内大学中设立了各科研究所，并十分注意丰富图书馆藏。
d．砥砺德行，培养正当兴趣。在将北大导向注重学术研究的同时，蔡元培还努力在师生中提倡道德修养。
②贯彻“思想自由，兼容并包”的办学原则
a．蔡元培认为“无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故”都可以在大学里自由地研究和讲授，并认为这是各国大学的共同准则，只有这样，大学才能对学术的发展起促进作用。
b．“思想自由，兼容并包”也体现在教师的聘任上，蔡元培以“学诣为主”，罗致各类学术人才，使北大教师队伍一时出现流派纷呈的局面。
③教授治校，民主管理
a．蔡元培组织了由教授组成的全校最高的立法机构和权力机构评议会以及各门教授会。1919年，评议会通过了学校组织内部章程，决定设立行政会议、教务会议以及教务处、总务处来对学校进行管理。
b．管理体制的改革，体现了蔡元培教授治校、民主管理的思想，目的是把推动学校发展的责任交给教授，让真正懂得学术的人来管理学校。
c．新的管理体制的建立，改变了京师大学堂遗留下来的封建衙门作风，提高了工作效率，从而促进了学校的蓬勃发展。
④学科与教学体制改革
关于学科和教学体制，他采取了如下措施：扩充文理，改变“轻学而重术”的思想；沟通文理，废科设系；改年级制为选科制（学分制）。
总而言之，以“思想自由、兼容并包”为灵魂的北大的改革不仅使自身面貌发生了改变，也是我国高等教育近代化发展中的一个里程碑。其所包容的主要是资产阶级乃至于无产阶级的新思想、新文化、新人物，北大也因此成为新文化运动和马克思主义的传播中心、五四运动的策源地，其影响已远远超出了教育领域。
（3）教育独立思想
教育独立的基本要求可大致归结为以下几个方面：
①教育经费独立。政府指定固定的款项，专作教育经费，不能移作他用，建立独立的教育会计制度等。
②教育行政独立。设立专管教育的行政机构，不附设于政府部门，由懂教育的专业人士主持。教育总长不得因政局的变动而频繁变动。
③教育学术和内容独立。教育方针应保持稳定，不受政治的干扰。能自由编辑、出版、选用教科书。
④教育脱离宗教而独立。
在军阀政府对教育或横加干涉，或任意摧残，或视如草芥的情况下，蔡元培等人突出教育活动的独立性和自主性，维护教育的基本生存，有其合理性。另外教育独立思想在推进收回教育权运动，抵制殖民教育方面也起到了积极作用。
总之，蔡元培在民国历史的几个关键时期被委以教育要职，对民国教育的大政方针和宏观布局有重大影响。他对北京大学的改革尤其凸现了他作为杰出教育改革家的远大理想和个性品质，在教育史上留下了光辉的一页。