本题考查宪法。

根据《民族区域自治法》第二十条的规定：“上级国家机关的决议、决定、命令和指示，如有不适合民族自治地方实际情况的，自治机关可以报经该上级国家机关批准，变通执行或者停止执行；该上级国家机关应当在收到报告之日起六十日内给予答复。”在S省人民政府的决定和指示不符合Y自治州的实际情况时，Y自治州报经S省政府批准，可以变通和停止执行，不需报国务院备案。

故正确答案为B。