（1）实验一：CHIP（染色质免疫共沉淀）实验

实验原理：

在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并通过超声波或酶处理将其随机切断为一定长度的染色质小片段，然后通过抗原抗体的特异性识别反应，沉淀该复合体，从而富集与目的蛋白相结合的DNA片段，通过对目的片段的纯化及PCR检测，获得该蛋白质与DNA相互作用的信息，包括具体的DNA序列特征、位置、结合时问、亲和程度以及对基因表达的影响等。

ChIP技术不仅可以用来检测体内转录调控因子与DNA的动态作用，还可以研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。

将目的蛋白定位到染色质DNA上的a基因的启动子区或附近，即可证明该调控元件是否参与a基因诱导表达。

（2）实验二：EMSA（凝胶滞缓）实验

实验原理：

蛋白质与DNA结合后将大大增加相对分子质量，而凝胶电泳中DNA朝正电极移动的距离与其相对分子质量的对数成正比，因此，没有结合蛋白的DNA片段跑得快，而与蛋白质形成复合物的DNA由于受到阻滞而跑得慢。当特定的DNA片段与细胞提取物混合后，若该复合物在凝胶电泳中的迁移速率变小，就说明该DNA可能与提取物中某个蛋白质分子发生了相互作用。这一方法简单、快捷，是分离纯化特定DNA结合蛋白质的经典实验方法。

在EMSA实验中，用放射性同位素标记待检测的DNA片段（即探针DNA），然后与细胞提取物共温育，形成DNA-蛋白质复合物，将该复合物加到非变性聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳。通常用32P标记DNA分子，而不标记蛋白质。电泳结束后，用放射自显影技术显现具放射性标记的DNA条带位置。

如果细胞蛋白提取物中不存在与同放射性标记的DNA探针相结合的蛋白质，那么所有放射性标记都将出现在凝胶的底部；反之，将会形成DNA-蛋白质复合物，由于受到凝胶阻滞的缘故，放射性标记的DNA条带就会出现在凝胶的不同部位。

（3）实验三：DNA foot-printing（DNA足迹）实验

实验原理;

DNA片段上，能保护结合部位不被DNase破坏，DNA分子经酶切作用后遗留下该片段（又称“足迹”），进而可以确定它的序列。

在电泳凝胶的放射性自显影图片上，相应于蛋白质结合的部位没有放射性标记条带。DNaseⅠ足迹实验是一种鉴别RNA聚合酶等蛋白质在DNA上结合位点的方法，它不仅能找到与特异性DNA结合的目标蛋白，而且能告知目标蛋白结合在哪些碱基部位。

足迹实验的方法较多，常用的有DNaseⅠ足迹试验和硫酸二甲酯足迹试验（DMS），两者原理基本相同。DNaseⅠ足迹试验的实验流程如下：

①待检双链DNA分子用P作末端标记，通常只标记一端；

②蛋白质与DNA混合，等两者结合后，加入适量的DNaseI，消化DNA分子，控制酶的用量，使之达到每个DNA分子只发生一次磷酸二酯键断裂，并列设置未加蛋白质的对照；

③从DNA上除去蛋白质，将变性的DNA加样在测序凝胶中作电泳和放射性自显影，与对照组相比后解读出足迹部位的核苷酸序列。