隐孢子虫感染在免疫功能正常者以自限性腹泻为主要症状，该患者在2周内腹泻症状逐渐好转，且类便镜检可见卵囊，支持隐孢子虫感染诊断。而蓝氏贾第鞭毛虫滋养体为倒置梨形，阿米巴包囊为4核圆形包囊，弓形虫和肉孢子虫虫卯不存在于肠道，环孢子虫卵囊为含桑甚胚样孢子体的球形卵囊。

隐孢子虫感染病变主要见于小肠，在免疫功能低下的患者中，病变可延及结肠、胃、食管,甚至胆道、胰腺或呼吸道等肠外器官。

隐孢子虫感染临床表现与 CD4⁺T淋巴细胞计数相关。免疫功能正常者感染隐孢子虫后病程多自限，且病情轻。而CD4⁺T淋巴细胞<100/μl时,常变成慢性感染:CD4⁺T淋巴细胞<50/μl时，则发生暴发性隐孢子虫病。在免疫功能正常的感染者中，隐孢子虫主要寄生于小肠末端或邻近结肠:但在免疫功能缺陷者中，隐抱子虫可遍及肠道，甚至累及胆道或呼吸道。实验研究显示，≤10个卵囊即可使健康者感染，而患者一次排便即含有10⁷~10⁹个卵囊，而且在症状消失后60天仍可排出卵囊。隐孢子虫在医院内经消化道传播可引起医院感染。

隐孢子虫病在免疫功能正常者的潜伏期为1~30天，平均为7天。