菌群失调症是由于宿主和外环境的影响，导致机体某一部位的正常菌群中各种细菌出现数量和质量变化，原来在数量和毒力上处于劣势的细菌或耐药菌株居于优势地位，在临床上发生菌群失调症或称菌群交替症。主要由于滥用抗生素引起，预防菌群失调症的关键在于合理使用抗生素，避免滥用或长期使用，可用可不用者不用，可用窄谱则不用广谱。