元朝时，大陆和台湾(当时称琉球)的关系进一步密切，元政府设置了澎湖巡检司，隶属于元朝福建行省泉州府，主官为澎湖巡检，负责管辖澎湖和台湾，元朝每年从那里征收盐税。澎湖巡检司的设立，加强了元政府对台湾的管辖。