政府绩效审计是指国家审计机关对政府及其部门、其他组织所发生的经济活动进行的经济性、效率性和效果性审查和评价，主要包括公共部门绩效审计、公共项目绩效审计和公共资源绩效审计三方面的内容。公共部门绩效评估是对公共部门管理过程中投入、产出、中期成果和最终成果所反映的绩效进行评定和划分等级的过程，是由确定评估目标、建立评估指标体系、收集数据、展开评估和评估结果使用等组成的行为体系。公共部门绩效评估的评估主体包括内部的决策者、管理者和工作人员以及外部评估者。由上可知，两者在评估主体方面有明显区别。故本题选A。