A项错误，根据《中华人民共和国突发事件应对法》第七条县级人民政府对本行政区域内突发事件的应对工作负责；涉及两个以上行政区域的，由有关行政区域共同的上一级人民政府负责，或者由各有关行政区域的上一级人民政府共同负责。乙市A区早高峰时段，地铁X号线某中转站突发故障暂时停运，应当由乙市A区人民政府组织开展相关应急处置工作，故该选项错误。

B项错误，《中华人民共和国突发事件应对法》第四章应急处置与救援第四十八条 ：突发事件发生后，履行统一领导职责或者组织处置突发事件的人民政府应当针对其性质、特点和危害程度，立即组织有关部门，调动应急救援队伍和社会力量，依照本章的规定和有关法律、法规、规章的规定采取应急处置措施。应为人民政府，而不是公安机关。故该选项错误。

C项正确，《中华人民共和国突发事件应对法》第四章应急处置与救援第四十八条 ：突发事件发生后，履行统一领导职责或者组织处置突发事件的人民政府应当针对其性质、特点和危害程度，立即组织有关部门，调动应急救援队伍和社会力量，依照本章的规定和有关法律、法规、规章的规定采取应急处置措施。应为乙市A区人民政府。故该选项正确。

D项错误，《中华人民共和国突发事件应对法》第四章应急处置与救援第四十八条 ：突发事件发生后，履行统一领导职责或者组织处置突发事件的人民政府应当针对其性质、特点和危害程度，立即组织有关部门，调动应急救援队伍和社会力量，依照本章的规定和有关法律、法规、规章的规定采取应急处置措施。应为人民政府，而不是公安机关。故该选项错误。

故正确答案为C。