教育经费的分配可以从分配原则和分配方式两方面考虑。
（1） 教育经费的分配原则
①均等性原则。 现代教育的基本特征之一就在于努力维护教育机会均等， 实现教育的大众化和民主化。 这就要求分配教育经费时， 首先要考虑地区和人群间的均等， 尤其对老少边穷地区和教育处境不利人群要给予特殊政策与适度倾斜。 其次还要考虑各级各类教育间的均等， 以期保持学校教育体系的和谐运行与良性发展。
②效益性原则。 从世界范围来看， 教育经费总是短缺的。 因此必须实现资源的优化配置， 将有限的资源投入到最需要的领域， 发挥其最大的功效。 当然， 教育组织不同于工厂、 公司之类的经济组织， 其效益也相对带有模糊性、 迟效性的特点， 无法完全像企业那样进行准确的成本归集、 费用分摊和利润分析。 这就要求在分配教育经费时， 一方面要遵循效益性原则， 考虑到教育的经济学意义和产业化的可能， 另一方面又必须认识到教育活动具有自身的特点， 不能像运营企业那样运营学校， 也不能像要求经理那样要求校长。
教育经费分配中的均等性原则和效益性原则是一对矛盾统一体， 不同国家、不同时期往往依据自己的价值观，来抉择“公平优先、 兼顾效益” 或“效益优先、 兼顾公平”。
（2） 教育经费的分配方式
政府的教育经费分配可大致分为四种不同模式：
①协议拨款模式。 其基本特点是： 预算系根据上年基数、 财政能力和发展要求提供增长系数， 主要反映历史趋势和政治需要， 对质量和效益的提高缺乏有效的激励机制。
②投入拨款模式。 基本特征是： 依据学生人数和单位成本拨款， 在拨款公式中增加加权系数， 以反映学校环境、 学生层次及教学质量的差别。 投入拨款的最大问题是拨款与招生政策的联系， 在学校拥有招生自主权的情况下， 政府如何对拨款进行有效分配？
③产出拨款模式。 这种模式将拨款与毕业生数量挂钩， 以减少重读和辍学率。 产出拨款单纯以毕业生的数量为依据， 而忽略了质量问题， 并且也无法解决学校所需的科研资金。
④质量拨款模式。 采用该模式的国家是智利。 它实施间接拨款计划， 对高中毕业生进行大学入学能力测验，招收优秀高中毕业生的大学可获得特别资助。 质量拨款的根据是大学入学能力测验， 但这种测验的信度和效度并不完全可靠， 招收到优秀高中毕业生的大学的质量也不一定就高。