免疫功能正常者的潜伏期为1~30天，平均为了天。临床症状持续数天或数周不等，多数在5~10天恢复。HIV/AIDS患者易患隐孢子虫病，是引起腹泻最常见的原因，其临床表现与CD4⁺T淋巴细胞计数相关。免疫功能正常者可表现为自限性腹泻。胆道感染隐孢子虫可表现为无结石性胆食炎、硬化性胆管炎，常有发热、恶心、呕吐及右上腹疼痛，有时可出现黄症，胆汁中可检出隐孢子虫虫卵。