【正确答案】 D

【答案解析】[考点] 法律适用
[解析] 依照《立法法》第86条的规定，假若《珠海市政府关于珠海加快生产科技型私营企业发展的若干意见》和商务部的规章之间对某同一事项的规定不一致，属于地方政府规章和部门规章的冲突，直接由国务院进行裁决即可，B项混淆了地方政府规章和地方性法规，不能入选。
依照《立法法》第65条和第81条第2款规定，经济特区法规的效力优于法律、行政法规、地方性法规、部门规章和地方政府规章。在珠海市斗门、金湾两区等经济特区之外，适用1998年珠海市人大常委会制定的《珠海市商品交易市场管理条例》，是因为珠海经济特区法规仅能在珠海经济特区范围内适用，而不是因为新的规定和旧的规定不一致的，适用新的规定，所以A项的表述错误。
在珠海经济特区内，作为经济特区法规的《珠海经济特区审计监督条例》之效力优于地方性法规的效力，故自然优于《珠海市商品交易市场管理条例》之效力，所谓同一机关制定的新的一般规定和旧的特别规定不一致时，由制定机关裁决；只是针对效力层次等同的情况，效力层次更高的法规当然地优先适用，所以C项错误。
D项提到的两个法规均属于经济特区法规，但是制定者是不同的，珠海市人大常委会制定了《珠海经济特区审计监督条例》(2003)，而《珠海经济特区关于进一步鼓励外商投资的规定》(1990)是珠海经济特区管理委员会(属于政府部门)颁布的，虽然最终可能会适用新的《珠海经济特区审计监督条例》，但是还是不能简单地按照新旧规定不一致就适用新的规定的办法来处理，还应当区分二者的作用领域和立法者权限，所以答案选D。此题前三个选项错误明显，所以使用排除法也可以得出正确答案。