目前的观点认为重症手足口病与肠道病毒（EV）尤其是EV71病毒的嗜神经特性有关，危重病例均有脑炎、脑干脑炎或脑脊髓炎症状，并由此导致神经源性肺水肿或循环衰竭，其中交感、副交感神经功能失衡、儿茶酚胺大量释放是主要致病机制。