本题考查国家赔偿法。

《国家赔偿法》第三条规定：“行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：（一）违法拘留或者违法采取限制公民人身自由的行政强制措施的；......”以及第八条规定：“经复议机关复议的，最初造成侵权行为的行政机关为赔偿义务机关，但复议机关的复议决定加重损害的，复议机关对加重的部分履行赔偿义务。”吴某提起行政诉讼二审撤销行政处罚决定书，甲市公安局南区分局对其采取的行政拘留则是违法拘留，吴某有权获得行政赔偿，甲市公安局南区分局是最初造成侵权的行政机关，为赔偿义务机关，应受理吴某的赔偿申请。而甲市公安局虽然是复议机关，但并未加重损害，不是赔偿义务机关。

故正确答案为B。