书院产生于唐末五代，元代以后，书院日益官学化，发展到清末已历时千年之久。清代书院大致有四个类型，第一类以讲求义理之学为主，第二类以博习经史辞章为主，第三类是以学习制艺为主，第四类以学习经也致用之学为主。上述四类书院中，第一、三类设置最普遍，尤以第三类为甚，但一般学术地位不高，第四类书院反映了当时书院发展的新趋势，但社会影响并不很大，第二类书院虽然数量不多，但学术影响较大，对清朝文化学术的发展起了积极作用。到了清末，书院和学堂一样，空疏腐化。
清末书院已经不适应当时社会的需要，到了非改革不可的阶段。1884年，郑观应在《盛世危言》中提出书院改革的建议，大致有三个阶段：一是整顿和改良旧书院；二是另建新型书院；三是改书院为学堂。
1896年6月，李端菜认为把原有的书院改为学堂，发展学校，是最省费用、最简便的方法。戊戌变法期间，维新派把书院改为学堂。1901年，清廷推行“新政”，又重申改书院为学堂的命令。