真核生物的基因表达调控很复杂，涉及的层次也很多，包括转录前调控，转录过程中的调控，转录后调控，翻译前调控，翻译调控，翻译后调控，还有细胞水平的调控等。具体为：
（1）转录前：包括染色体的解聚成染色体，组蛋白的调控，也就是染色体改组。
（2）转录中：顺式调控元件与反式作用因子的调控。
（3）转录后：mRNA的剪接，拼接，特有碱基的修饰等等。
（4）翻译前：mRNA的降解机制调控等。后面还涉及到蛋白的加工，修饰，运输，折叠，定位，稳定性及降解等。