2016年6月，某市税务机关拟对辖区内某房地产开发公司开发的房地产项目进行土地增值税清算。该房地产开发公司提供该房地产开发项目的资料如下：(1)2014年2月以8000万元拍得用于该房地产开发项目的一宗土地，并缴纳契税；因闲置1年，支付土地闲置费400万元。(2)2015年4月开始动工建设，发生开发成本5000万元；银行贷款凭证显示利息支出1000万元，并能够按转让房地产项目计算分摊。(3)2016年5月项目已销售可售建筑面积的80％，共计取得收入20000万元；可售建筑面积的20％投资人股某酒店，约定共担风险、共享收益。支付与转让房地产有关的税金及附加共计1120万元(不含印花税)。(4)公司已按照3％的预征率预缴了土地增值税600万元，并聘请税务中介机构对该项目土地增值税进行审核鉴证。税务中介机构提供了鉴证报告。(其他相关资料：当地适用的契税税率为5％，其他房地产开发费用的扣除比例为5％)问题：

问答题 简要说明税务机关要求该公司进行土地增值税清算的理由。

问答题 计算该公司清算土地增值税时允许扣除的取得土地使用权所支付的金额。

问答题 计算该公司清算土地增值税时应补缴的土地增值税。