科学家根据始祖鸟化石得出鸟类是由爬行动物进化而来的结论，运用的研究方法是______。
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[解析] 科学家通过比较始祖鸟化石与爬行动物和鸟类的相同之处，认为始祖鸟是位于爬行动物和鸟类之间的一个过渡物种，因此得出鸟类是由爬行动物进化而来的结论。