本题考查行政法。

A项错误，根据我国《行政许可法》第六十九条第一款规定：“有下列情形之一的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可……”因此D市和L区住房城乡建设委均可撤销行政许可。

B项错误，根据我国《行政许可法》第六十九条第三款规定：“依照前两款的规定撤销行政许可，可能对公共利益造成重大损害的，不予撤销。”M公司盖的是总部大楼，不会对公共利益造成重大损害。

C项错误、D项正确，根据我国《行政许可法》第六十九条第一款规定：“有下列情形之一的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可：……（四）对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的；（五）依法可以撤销行政许可的其他情形。”M公司在办理许可过程中，未取得总部大楼用地批准手续，存在一定过错，不符合施工许可的法定条件，依法应当撤销其行政许可。

故正确答案为D。