非组蛋白主要通过以下几个方面参与表观遗传的调控：
（1）参与染色体的构建：组蛋白把DNA双链分子装配成核小体串珠结构后，非组蛋白则帮助折叠、盘曲，以形成在复制和转录功能上相对独立的结构域。
（2）启动基因的复制：组蛋白往往以复合物的形式结合在一段特异DNA序列上，复合物中包括启动蛋白、DNA聚合酶、引物酶等，以启动和推进DNA分子的复制。
（3）调控基因的转录：这些蛋白一般为基因调控蛋白，它们往往以竞争性或协同性结合的方式，作 用于一段特异DNA序列上，引起DNA构象变化，导致DNA和其他非组蛋白及组蛋白的结合发生变化， 最终促使DNA解螺旋，DNA和组蛋白分离使染色质结构疏松；或相反，引起基因的失活或激活，从而影响表观遗传。