细菌底物水平磷酸化和氧化磷酸化过程中ATP产生方式的比较如下：

（1）底物水平磷酸化

①定义：底物水平磷酸化是指物质在生物氧化过程中，常生成一些含有高能键的化合物，而这些化合物可直接偶联ATP或GTP的合成的产生ATP等高能分子的方式。

②产生能量的部位：底物水平磷酸化既存在于发酵过程中，也存在于呼吸作用过程中。

③产生能量的量：不同途径的底物水平磷酸化产生的能量的量不一样。例如，在EMP途径中，甘油酸-1,3-二磷酸转变为甘油酸-3-磷酸以及烯醇丙酮酸磷酸转变为丙酮酸的过程中都分别偶联着1分子ATP的形成；而在三羧酸循环过程中，琥珀酰辅酶A转变为琥珀酸时偶联着1分子GTP的形成。

（2）氧化磷酸化

①定义：氧化磷酸化是指物质在生物氧化过程中形成的NADH和FADH，可通过位于线粒体内膜或细菌质膜上的电子传递系统将电子传递给氧或其他氧化型物质，在这个过程中偶联着ATP的合成的产生ATP的方式。

②产生能量的部位：氧化磷酸化一般存在于有氧呼吸作用中，也存在于光合作用过程中。

③产生能量的量：1分子NADH和FADH，可分别产生2.5分子和1.5分子ATP。

英国学者米切尔1961年提出化学渗透偶联假说，该学说的中心思想是电子传递过程中导致建立膜内外质子浓度差，从而将能量蕴藏在质子势中，质子势推动质子由膜外进入胞内，在这个过程中通过存在于膜上的F-F₀，ATP酶偶联ATP的形成。