【正确答案】 C、D、E

【答案解析】解析：选项B：非房地产开发企业转让新建房缴纳的印花税在“与转让房地产有关的税金”项目中扣除；选项C：契税在“取得土地使用权所支付的金额”中扣除；选项D：耕地占用税在“房地产开发成本”中扣除；选项E：城镇土地使用税计入管理费用，按规定在税前扣除。