【正确答案】 D

【答案解析】[解析] A项正确，对环境保护主管部门的处理决定不服，不应当对该环境保护主管部门提起行政诉讼，因为该处理决定不具有强制力，故应当直接以另一方为被告提起民事诉讼；根据《环境保护法》第42条的规定，因环境污染损害赔偿提起诉讼的时效期间为3年，从当事人知道或者应当知道受到污染损害时起计算。可知B项说法正确。
根据《环境保护法》第41条第3款的规定：完全由于不可抗拒的自然灾害，并经及时采取合理措施，仍然不能避免造成环境污染损害的，免予承担责任。可知C项说法正确。
D项说法错误，根据《环境保护法》第39条的规定，罚款由环境保护行政主管部门决定。责令停业、关闭，由作出限期治理决定的人民政府决定；责令中央直接管辖的企业事业单位停业、关闭，须报国务院批准。依题意，D项当选。