【正确答案】 D

【答案解析】本题的考点为副词及短语的用法辨析。前一句提到手工设计太繁重，接着提到“因此研究者们二______应用一种称为基因运算法则的最优化项目”，所以可知他们使用这种项目来替代手工设计。因此[D]instead“代替，改为”为正确选项。[A]in order“整齐，状况良好”，[B]in place“在适当的位置”和[C]in spite“不管”都不符合题意。