原生动物和微型后生动物在污水生物处理和水体污染及自净中起到三个方面作用：

①指示作用

原生动物及微型后生动物在水体中出现的先后次序是：

细菌→ 植物性鞭毛虫→肉足类→动物性鞭毛虫→游泳型纤毛虫、吸管虫 → 固着型纤毛虫 →轮虫。

A. 可根据上述原生动物和微型后生动物的演替，根据它们的活动规律判断水质和污水处理程度，还可判断活性污泥培养成熟程度。

B. 根据原生动物种类判断活性污泥和处理水质的好与坏。

C. 还可根据原生动物遇恶劣环境改变个体形态及其变化过程判断进水水质变化和运行中出现的问题。

②净化作用

腐生性营养的鞭毛虫通过渗透作用吸收污水中溶解性有机物。大多数原生动物是动物性营养，它们吞食有机颗粒和游离细菌及其他微小的生物，对净化水质起积极作用。

③促进絮凝和沉淀作用

污、废水生物处理中主要靠细菌起净化作用和絮凝作用。然而有的细菌需要一定浓度的原生动物存在，由原生动物分泌一定的粘液物协同和促使细菌发生絮凝作用。