【答案解析】(1)酶利用其与底物之间通过非共价键(氢键、巯基相互作用、离子键)结合所释放出的能量(结合能)降低了酶促反应的活化能。结合使酶具备了巨大的催化能力和高度的专一性。
(2)酶与底物的非共价结合在过渡态中达到了最优化。从本质上说，酶的活性中心并非最适于与底物结合，而是最适于与过渡态类似物相结合。
(3)在催化反应瞬间，酶的催化基团与过渡态类似物之间形成瞬时的共价键，或是底物将某个基团瞬时转移给酶。底物与酶之间形成的共价键降低了反应的活化能，加速了反应。