不得作为医疗机构制剂申报的品种包括：①市场上已有供应的品种；②含有未经国家品监督管理部门批准的活性成分的品种；③除变态反应原外的生物制品；④中药注射剂，故B错误；⑤中药、化学药组成的复方制剂，故A错误；⑥麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品、放射性药品，故C错误。医疗机构制剂必须是本单位临床需要而市场上没有应的品种，故选D。