【正确答案】 B

【答案解析】解析：元朝中央政府另设有枢密院和宣政院。枢密院掌理军事，地位低于中书省，皇太子兼领枢密使。宣政院掌理全国佛教及吐蕃地区军民政教事务，以国师(帝师)总领，机构庞大，职官僧俗并用，遇重大军事，须会同枢密院商定。由于蒙古贵族崇信喇嘛教，并且以国师或帝师教旨和皇帝敕令并行于西部藏族地区，因此，宣政院的权力很大。宣政院是主持全国佛教事务和统领吐蕃地区军、民之政的中央机构，同时也是全国最高宗教审判机关，负责审理重大的僧侣案件和僧俗纠纷案件。因此本题选B。A项的宗人府主要是清朝审理皇室贵族诉讼事务的机构，C项的理藩院是清朝管理蒙古、回、藏等少数民族事务的中央机构，D项的内务府是清朝管理宫廷事务的机构。