A项正确。生态系统具有一定的内部调节能力，在受到外来干涉时能通过自我调节（或人为控制）恢复到原初的稳定状态。但一旦外来干扰超越生态系统的自我控制能力而不能恢复到原初状态时，生态平衡就会遭到破坏。
B项错误。在生态平衡的状态下，能量的输入和输出在较长时间内趋于相等，但并不是完全相等。
C、D两项正确。生态平衡包含两个方面的稳定：一方面是生物种类，即生物、植物、微生物等有机物的组成和数量比例相对稳定；另一方面是非生物环境，包括空气、阳光、水、土壤等保持相对稳定。生态平衡是一种动态平衡，比如，生物个体会不断发生更替，但总体上系统保持稳定，生物数量没有剧烈变化。
故本题选B。