【正确答案】 D

【答案解析】解析：本题考查隋态动词表示推测的用法。从本句内容来看， “他们早上五点就出发了，现在本该到了。”选项A用了现在完成时，无法表达推测这一含义，而是表达了一个已经完成的动作，与句子要表达的意思不符；选项B用了should do的结构，如果表示推测的话通常表示对将来要发生的事情的推测；选项C用了should be doing结构，一般表示对现在正在发生的一件事情的推测，而动词arrive一词通常不用于进行时态；选项D用了should have done结构，表示对已经完成了的动作的推测。所以选项D为正确答案。