①《建设工程施工合同解释》第6条规定：“当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其 利息的，应予支持，但约定的利息计算标准高于中国人民银行发布的同期同类贷款利率的部分除外。当事人对垫资没有 约定的，按照工程欠款处理。当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，不予支持。”据此，如果发包人与承 包人对垫资性质及其利息均有明确约定，则垫资相当于承包人向发包人的借款。反之，如发包人与承包人对于垫资性质 无明确约定或者对垫资其利息无明确约定，承包人的款项视为发包人对承包人的工程欠款。
②《建设工程施工合同解 释》第17条规定：“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布 的同期同类贷款利率计息。”
③区分“垫资”与“工程价款”的意义何在呢？若被认定为垫资，对垫资利息的数额有限制，约 定的垫资利息不能超过法定的同期同类银行贷款利率；若被认定为工程欠款，其约定的利息可以超过法定的同期同类银 行贷款利率（因为欠款还有罚息的问题）。
④甲、乙仅约定乙垫资1000万元，但未约定垫资利息，属于“未对垫资作出明 确约定”所以，乙的垫资应按工程欠款处理，而不能按照垫资处理。故A选项正确。
⑤《建设工程施工合同解释》第21条 规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的 中标合同作为结算工程价款的依据。”据此，甲、乙间应按照一亿元结算工程价款。故C选项正确。
⑥《建设工程施工合 同解释》第18条规定：“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明确的，下列时间视为应 付款时间：（一）建设工程已经交付的，为交付之日；（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；（三） 建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。”故B选项正确；D选项正确。
​​​​​​综上，本题正确答案为ABCD选项。