【正确答案】 D

【答案解析】[解析] 《刑事诉讼法》第19条规定，基层人民法院管辖第一审普通刑事案件，但是依照本法由上级人民法院管辖的除外。《刑事诉讼法》第26条规定，上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。
本案中，王某是在担任甲省副省长期间受贿50多万元，按《刑事诉讼法》的有关规定，应由甲省有关的基层人民法院管辖，但考虑到其特殊身份，指定别的法院审理会更有利，而甲省和乙省的共同上级法院是最高人民法院，因而是最高人民法院指定乙省的W市中级人民法院管辖。因此，正确答案是D。