【正确答案】 A、B、D

【答案解析】首先，强奸罪的量刑是3年以上10年以下有期徒刑，其追诉时效是15年，即1995年。故意杀人罪的量刑是无期徒刑、死刑，其追诉时效是20年，即2000年。交通肇事罪的量刑是3年以下有期徒刑，其追诉时效是5年，即2001年。其次，1996年年末，强奸罪已经过了追诉期限，但故意杀人罪则尚在追诉期限之内，其20年的追诉期限应从1996年重新计算。再次，两案在2007年被发现，交通肇事罪已经经过了追诉期限，但故意杀人罪依然尚在追诉期限之内。最终，本案只追究甲故意杀人罪的刑事责任即可。综上，本题的正确答案是ABD。