是清朝为管理蒙古、回部和藏族事务而新增设的中央机构，初名蒙古衙门，崇德三年(1638年)改称理藩院，这时的理藩院和内三联、六部、都察院合称“三院八衙门”，重要的中央机构。理藩院官职由满足官员或蒙古族担任，汉人不得预闻。除民族事务外，理藩院还掌管一部分外交事务。