【正确答案】 A

【答案解析】自然选择是指自然环境对个体进行选择。保留种群的有利基因，新基因产生的是基因突变，故A正确；地理隔离导致种群基因库出现差异，可能导致生殖隔离，故B错误；自然选择过程中，直接受选择的是表现型。故C错误；基因突变具有多害少利性，不能决定生物进化的方向，可能与进化的方向相同，也可能不同，故D错误，所以本题选择A选项。