本题考查法理学。

程序公正是指司法机关在司法活动的过程中体现出来的操作规程、审判过程的公平和正义，程序公正意味着司法机关的操作规程符合法律的规定。实体公正可以从两个层面理解，第一，是指立法者对人们实体权利与义务的公平、合理分配，这是实体的一般公正；第二，是指司法者根据实体一般公正的追求，通过在诉讼程序中行使自由裁量权而达到的公正的裁判结果，这是实体个别公正。

A项错误，程序公正是实体公正的保障，这半句正确，二者的关系是相互依存与相互补充的；后半句过于绝对，在一些个案上，实现了程序公正，对当事人而言并不意味着实现了实体公正，例如去年的“辱母杀人于欢案”，按照程序正义来说，于欢杀人要判很重的刑，甚至死刑，但是基于案情，法官会通过行使自由裁量权尽力让案件实现实体正义，所以有时候，不一定说有了程序正义就会有实体正义，二者需要互补。

B项正确，刑事程序公开透明有助于发挥程序的约束作用，例如在调查取证的时候，要求侦查人员不少于2人，同时接受检察机关的监督，这样就避免了造假的发生，可以使执行者严格遵守程序，当然有助于发挥程序的约束作用。

C项错误，说法过于绝对，例如《刑事诉讼法》第五十六条规定：“收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应当予以补正或者作出合理解释；不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。”所以在排除之前还可以补正，并非一经发现违反法定程序收集的证据就排除。

D项错误，对复杂程度不同的案件进行程序上的繁简分流并不会限制程序的约束作用，这样可以提高案件审理效率，简单的案件按照简易程序办理，复杂的案件按照一般程序审理，体现了具体问题具体分析的哲学原理。

故正确答案为B。