若N=2,第一次进入循环，1≤2成立，S=100,M=-10，i=2≤2成立，第二次进入循环，此时S=100-10=90,M=1，i=3≤S=90不成立，所以输出S=90≤91成立，所以输入的正整数N的最小值是2，故选D.