【正确答案】市政府与本市甲建筑公司签订的协议是行政合同，而不是民事合同。因为行政合同与民事合同在合同的主体、合同的目的、合同的内容上以及适用的法律规则上都有所不同。本案中，双方签订的协议一方当事人是市政府，是具有行政管理职能的行政主体；该协议修建高架桥的目的是为了公共利益；协议内容包括本市甲建筑公司修建公路以及市政府授权甲建筑公司收费，涉及双方行政法上的权利义务；市政府对合同的履行行使监督权。这些都表明该协议具有行政合同的性质，与民事合同完全不同。
   (2) 因为该协议是行政合同，市政府在协议履行中享有行政优益权，包括：对合同履行的监督和指挥权；单方面变更或解除合同权；对不履行合同或不按规定履行合同的相对人的制裁权等。市政府应承担的相应的特殊义务包括：兑现其在合同中承诺给相对方的优惠和照顾义务；按照合同规定支付价金的义务；因违反合同约定或违法变更、解除合同损害了相对方合法权益时应承担的赔偿义务；因公共利益需要而行使特权行为给相对一方增加负担和造成损失时应当承担的补偿义务等。
   (3) 甲建筑公司应提起行政诉讼。因为该协议属于行政合同，是一种具体行政行为，因行政合同引起的纠纷属于行政纠纷，属于行政诉讼的受案范围。

【答案解析】本题考查的是行政合同的特性，可以从合同的订立主体、双方的权利义务关系等方面识别。
   (2) 本题考查的是行政优益权的内容。行政优益权贯穿于行政合同的整个过程，如行政机关选择相对方的权利；行政机关对合同履行的监督权和指挥权；单方面解除和变更合同权以及制裁权等。
   (3) 本题考查的是行政合同的救济方式，行政合同属于行政行为的范畴，因行政合同引起的纠纷属于行政纠纷，自然应当属于行政诉讼的受案范围，所以应当通过行政诉讼解决。