流式细胞仪可定量地测定某一细胞中的DNA、RNA或某一特异的标记蛋白的含量，以及细胞群体中上述成分含量不同的细胞的数量。
工作原理：分散细胞群体后，对待测的某种成分进行特异的荧光染色，然后使悬液中的细胞以每秒2万-5万个的速度一个个地通过流式细胞仪。当含有单个细胞的液滴通过激光束时，带有不同荧光的细胞所在的液滴被充上正电荷、负电荷或不带电，同时检测器可测出并记录每个细胞中的待测成分的含量。因带有不同表面标记的细胞所带的电荷不同，当液滴通过高压偏转板时，带不同电荷的液滴发生偏转，从而达到将细胞分选的目的。
主要应用：用于定量测定细胞中的DNA、RNA或某一特异蛋白的含量；测定细胞群体中不同时相细胞的数量；从细胞群体中分离某些特异染色的细胞；分离DNA含量不同的中期染色体；细胞周期检验和细胞凋亡测定。