(1)最高决策权的二元化。戊戌变法是在以慈禧太后为首的顽固派与光绪皇帝为首的维新派之间的激烈斗争中进行的。最高决策权的不统一使得政令往往相左，下级无从执行。
(2)改革缺乏军事力量的保证。改革派没有军事实权，难以奏效。
(3)顽固派的顽强抵抗。改革触及到顽固派的根本利益，遇到其强烈反抗。
(4)地方官员的敷衍塞责。多数地方巡抚或是推诿或是粉饰应付， 改革难以推动。