【正确答案】 B、D、E

【答案解析】 本题考核行政诉讼的管辖、被告和第三人。复议机关改变了原具体行政行为认定的主要事实，属于复议机关改变原具体行政行为的情况，被告为复议机关即甲市政府。所以选项A错误，选项B正确。被告为县级以上人民政府的案件，属于中级人民法院管辖的第一审行政案件，但以县级人民政府名义办理不动产物权登记的案件可以除外。本题被告是甲市政府，且不属于“以县级人民政府名义办理不动产物权登记的案件”，因此，管辖法院是中级法院，而不是县级的基层法院。所以选项C错误，选项D正确。