Ⅰ类自剪接内含子的剪接主要是转酯反应，即剪接反应实际上发生了两次磷酸二酯键的转移。

①在Ⅰ类自剪接内含子切除体系中，第一个转酯反应由一个游离的鸟苷或鸟苷酸（GMP、GDP或GTP）介导。鸟苷或鸟苷酸的3＇-OH作为亲核基团攻击内含子5＇端的磷酸二酯键，从上游切开RNA链。

②在第二个转酯反应中，上游外显子的自由3＇-OH作为亲核基团攻击内含子3＇位核苷酸上的磷酸二酯键，使内含子被完全切开。

③上、下游两个外显子通过新的磷酸二酯键相连。I类自剪接内含子释放出线性内含子，而不是一个套索状结构。

如图1所示：