本题考查的是经济知识。
A 项，营改增可以有效完善增值税抵扣链条，避免重复征税，直接为小微企业减轻税费负担。 目前，营改增已为我国推进小微企业降成本、促进企业转型升级发挥了重要作用。故 A 选 项正确，当选。
B 项，制度性交易成本是指因政府的各种制度工具所带来的成本，可以简单地理解成是企业 在遵循政府制定的一系列规章制度时所需付出的成本，例如各种税费、融资成本、交易成本 等等都属于制度性成本。降低制度性交易成本有助于减低小微企业的经营成本，故 B 选项 正确，当选。
C 项，清理各类行政事务性收费有助于切实减轻小微企业的经营成本，促进实体经济发展。 C 选项正确，当选。
D 项，政府性基金是指企业依照法律、行政法规等有关规定，代政府收取的具有专项用途的 财政资金，所以增加政府性基金不利于降低小微企业经营成本，应该是清理政府性基金。故 D 选项错误，排除。
故本题的正确答案为 ABC 项。