【答案解析】根据我国最近制定的相关内部控制原则，可以判断，该公司的内部控制系统在以下几个方面不符合相关规定。
①内部环境不完善。该公司在生产经营的过程中，出现了一种口服药的部分批次所包含的菌群和菌落超出了相关药品安全标准的规定，在药品生产质量检验部的一名员工向其所在部门的领导反映这一问题时，未得到任何答复，反映出该公司管理效率的低下。内部环境存在缺陷。
②甲公司缺少风险评估系统，公司对药品出现问题给企业带来的风险重视不够，没有主动对其采取应对措施，造成员工向媒体投诉，使公司遭受损失。
③甲公司缺少有效的信息与沟通系统，有效的沟通应当在企业内部以全方位的方式进行，包括管理者与普通员工的沟通，也包括企业与外部各方的有效沟通。该公司员工在发现问题后向其所在部门的领导进行反映，但并未得到任何答复，说明内部沟通出现了问题。同时，该员工在没有得到答复的情况下，向外部媒体投诉，表明该公司对外沟通的渠道也存在问题。且公司的问题反映报告系统也不健全。

【答案解析】根据材料可知，甲公司目前面临的风险主要包括以下几种。
①法律/合规风险，该公司一种口服药的部分批次所包含的菌群和菌落超出了相关药品安全标准的规定，可能将面临相关部门的法律制裁。
②操作风险，该公司缺陷产品可能是由于员工、过程、基础设施和技术等因素引起的风险。
③声誉风险，由于产品不符合相关药品安全标准的规定，媒体已经报道指出，是因甲公司一向缺乏严谨的工作作风引起，这种漠视药品安全标准的行为，会对该公司声誉带来严重的长期影响。
产品风险，企业的产品质量不过关。