采样原则
1.根据检验目的、食品特点、批量、检验方法、微生物的危害程度等确定采样方案。
2.应采用随机原则进行采样，确保所采集的样品具有代表性。
3.采样过程遵循无菌操作程序，防止一切可能的外来污染。
4.样品在保存和运输的过程中，应采取必要的措施防止样品中原有微生物的数量变化，保持样品的原有状态。
采样工具
常用的食品采样工具主要包括两类，一类是适合采集各种样品的无菌采样器具，一类是盛放样品的无菌容器（袋）等。如铲子、匙、夹子、镊子、吸管、广口瓶/塑料瓶、塑料袋、玻璃搅拌棒以及剪子、刀具等。此外还应准备消毒用的75%酒精棉球、酒精灯、打火机或火柴、记录笔、采样单等。
样品采集的数量 
散装食品一般采集5倍或以上检验单位的样品量，固体样品采样量应不少于250g；液体样品不少于250ml且不超过容器的3/4。 
采样操作
散装食品的采样必须在无菌操作下进行。
采样前操作人员应先穿戴好工作服、工作帽和口罩，将酒精灯、打火机或火柴移至采样点后点燃酒精灯，用75%酒精棉球消毒手，然后用75%酒精棉球将采样开口处周围消毒后将容器或包装打开。
固体样品可用已经过消毒灭菌的合适的取样工具适量取样放入无菌容器或无菌袋中，在酒精灯火焰下将盛放样品的容器（袋）封口。
散装液体样品在采样前先用无菌玻璃棒搅拌均匀或摇匀，用75%的酒精棉球将瓶口（桶口）处抹擦消毒，然后打开瓶盖（桶盖），待样品通过出口流出一些后再倾倒至无菌广口瓶/塑料瓶中，或用无菌吸管吸取样品，装入无菌广口瓶/塑料瓶中，在酒精灯火焰下盖好瓶盖。
采集进行微生物检验的样品时，无菌采样是操作的关键环节，无菌采样的注意事项包括：
采样时使用的各种取样用具要灭菌后才能使用，通常可在酒精灯火焰上灼烧灭菌；
要使用无菌容器或无菌袋盛放样品，确保容器（袋）密封，防止样品外漏；
不要触摸或接触无菌容器（袋）的口部及里面以防污染；
妥善保管已经消毒灭菌的采样用品；
采集液态样本时，要注意采集前将样本充分混匀，样本容量不要超过容器体积的3/4，以避免样品泄漏造成污染。
采集样品的标记 
样品编号、样品名称、来源、批号、数量、保存条件、采样地点、时间、采样人员等信息。 
采集样品的贮存和运输
样品在保存和运输过程中，应采取必要的措施防止样品中原有微生物的数量变化，保持样品的原有状态。