（1）基本结构方面

原核生物mRNA的5＇端无帽子结构，3＇端没有或只有较短的poly（A）结构。

真核生物mRNA的5＇端存在帽子结构，且绝大多数真核生物mRNA具有poly（A）尾巴。mRNA的帽子结构常常被甲基化。

（2）作用形式方面

许多原核生物mRNA可能以多顺反子的形式存在。多顺反子mRNA是一组相邻或相互重叠基因的转录产物，这样的一组基因可被称为一个操纵子，如大肠杆菌乳糖操纵子转录成编码3条多肽的多顺反子mRNA，经过翻译生成β-半乳糖苷酶、透过酶及乙酰基转移酶。

真核基因几乎都是单顺反子，只包含一个蛋白质的信息，其长度在几百到几千个核苷酸之间。

（3）功能特点方面

原核生物mRNA起始密码子AUG上游7～12个核苷酸处有一被称为SD序列的保守区，该序列与16SrRNA3＇端反向互补，因此被认为在核糖体与mRNA的结合过程中起作用。

真核生物mRNA帽子结构可能使mRNA免遭核酸酶的破坏。poly（A）是mRNA由细胞核进入细胞质基质所必需的形式，大大提高了mRNA在细胞质基质中的稳定性。此外，poly（A）还能增强mRNA的可翻译能力。

（4）其他方面

原核生物mRNA的半衰期较短，因此细菌基因的转录与翻译是紧密相连的，基因转录一旦开始，核糖体立刻结合到新生mRNA链的5＇端，启动蛋白质合成，而此时该mRNA的3＇端还远远没有转录完全。

真核生物mRNA的半衰期相对较长，因此真核生物体内转录与翻译是分开进行的，mRNA被转录完成之后穿过细胞核进入细胞质中翻译。