真核生物基因组 DNA 与蛋白质结合形成染色体，而且 是多条，以双倍体形式储存于细胞核内。
基因组远远大于原核生物，具有多个复制起点，而每 个复制子的长度较小，且不同种属的基因组大小变化大。
基因组中不编码的区域多于编码区域。
真核细胞基因转录产物为单顺反子。
编码蛋白质的结构基因有单拷贝和多拷贝两种形式。
存在重复序列，重复次数可达百万次以上。
基因是不连续的，基因家族化是最显著特征之一，并 且 DNA 片段可以重排。