【正确答案】 A

【答案解析】《行政复议法实施条例》第四十七条规定：“具体行政行为有下列情形之一，行政复议机关可以决定变更：(一)认定事实清楚，证据确凿，程序合法，但是明显不当或者适用依据错误的；(二)认定事实不清，证据不足，但是经行政复议机关审理查明事实清楚，证据确凿的。”据此，复议机关的变更决定适用于以下三种情形：(1)具体行政行为明显不当；(2)适用依据错误；(3)事实不清，证据不足。C项情形不影响收费决定的合法性，D项情形属于违反法定程序，都不能作出变更决定。
《行政复议法实施条例》第五十一条规定：“行政复议机关在申请人的行政复议请求范围内，不得作出对申请人更为不利的行政复议决定。”据此，在B项，若作出变更决定，则意味着对甲某更为不利，故排除B项。