溶酶体是单层膜围绕、内含多种酸性水解酶类的囊泡状细胞器。其生理功能如下：
（1）清除无用的生物大分子、衰老的细胞器及衰老损伤和死亡的细胞。
（2）基本消化作用
① 内吞作用：可溶性大分子通过质膜包被小窝内化和内吞泡进入细胞与初级溶酶体结合形成异噬溶酶体被消化。
② 吞噬作用：破损细胞或病原体及不溶性颗粒物质通过异噬泡形成进入细胞与初级溶酶体结合被消化。
③ 自噬作用：细胞内破损细胞器和批量细胞质形成自噬泡与初级溶酶体结合被消化。
（3）防御功能
防御功能是某些细胞特有的功能，它可以识别并吞噬入侵的病毒或细菌，在溶酶体作用下将其杀死并进一步降解。
（4）作为细胞内的消化“器官”为细胞提供营养，如降解内吞的血清脂蛋白，获得胆固醇等营养成分等。
（5）在分泌腺细胞中，溶酶体常常摄入分泌颗粒，参与分泌过程的调节。
（6）无尾两栖类发育过程中蝌蚪尾巴的退化，哺乳动物断奶后乳腺的退行性变化等都涉及某些特定细胞程序性死亡，死亡后的细胞被周围吞噬细胞溶酶体消化清除。
（7）在受精过程中的顶体反应，精子的顶体相当于特化的溶酶体，其中含多种水解酶类，能溶解卵细胞的外被及滤泡细胞，产生孔道，使精子进入卵细胞。