(1)原核生物识别起始密码子的机制：原核生物合成蛋白质的起始氨基酸是被甲酰化了的甲硫氨基酸，即N-甲酰甲硫氨基酸(fMet),fMet的a-氨基酸被甲酰基封闭，不能参与肽链的延伸，只能作为起始氨基酸，携带甲硫氨酸的tRNA有两种：tRNA₁^met识别起始密码子AUG,携带Met,并随后被甲酰化酶甲酰化形成fMet-1RNA₁^met,tRNA^met为肽链延长过程中的甲硫氨酸-tRNA,只携带Met.糖体在完成上一轮蛋白质合成后通常解离为大、小两个亚基，此时，IF3与小亚基E位结合，从而阻止大、小亚基的无效结合。组装时，IF2(也是一种GTP酶)首先与IF1、GTP结合，进入核糖体小亚基的A位；mRNA在5'端的SD序列处与核糖体小亚基16SrRNA识别、结合；进入小亚基P位，并与IF2结合；mRNA起始密码子AUG与fMet-1RNA₁^met的反密码子识别。(2)真核生物识别起始密码子的机制：真核生物多肽链合成的起始与原核生物存在较大差异。主要区别为：①真核生物起始氨基酸不被甲酰化，仅借助起始tRNA(tRNA₁^met)和内部tRNA(tRNA^met)的差别来区分起始密码子和阅读框内密码子；②真核生物起始因子有10多个，而不是3个；③真核生物mRNA没有SD序列，核糖体结合位点(RBS)在起始密码子附近，常见有GC-CAGCCAUGG借助mRNA的5端帽子结构与核糖体相互识别促进真核生物识别起始密码子